《神隐之狼》讲述故事的舞台背景是昭和58年的夏天。16岁的少年九澄博士因为父亲的关系，从市中心移居至建设于山中的新兴小镇嫦娥街就读高一。嫦娥街被一条河流分为旧市街和新市街2部分，这里残存着充满神秘色彩的各种奇怪传承以及风俗。在适应着新环境的同时准备快乐地享受全新生活的九澄博士却在意着班上唯一与他保持距离的班 长栉名田眠。在少数接触中，他收到了来自栉名田的忠告：不要接近旧市街。在那里到底存在着什么？恐怖并神秘的事件随之而来。隐藏在旧市街的戒律，恐怖与迷团交错，不断重复的恶梦中交织着人们各种各样的意图，将10个故事联系起来。真相究竟是什么？