《库特wafter》讲述改编自Key社的恋爱冒险游戏第八作，和库特在同一房间度过的夏天，能美库特莉亚芙卡和直枝理树成为了恋人。故事发生在修学旅行平安结束后的另一个Little Busters！EX的世界。暑假开始了，Little Busters的其他成员都回家了，只有库特和理树留在了宿舍里。就在这时，男生宿舍的翻新工程中水管出了故障，房间没办法使用了。这时库特向着无家可归的理树，说出了室友、现在也在、募集中、的说伸出了援手。理树点头答应了。就这样秘密的开始了同居生活。一边帮助库特完成暑假的自由研究，一边瞒着其他住宿生度着蜜月。这样的两人的目的地到底在哪。