《魔法禁书目录第三季》讲述改编自镰池和马执笔、师灰村清孝负责插画的轻小说。位于东京西部的巨大学园都市，实施着超能力开发的特殊课程。学生们的能力被给予从无能力Level 0到超能力Level 5的六阶段评价。高中生上条当麻，由于寄宿在右手中的力量只要是异能之力，就连神的加护都能消除的幻想杀手（Imagine Breaker），而得到吊车尾的无能力的评价，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，自从与逃离魔法世界的少女禁书目录（茵蒂克丝）相遇开始，就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的科学侧和与茵蒂克丝关联的魔法侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在...。