《碧蓝幻想第二季》讲述向往著天空、目标星之岛的少年，在遇见了有着蓝发的不可思议的少女后，命运和生命便系在一起。开始朝天空旅行的少年与少女，遇见了值得信赖的同伴们，还有能横渡天空的骑空艇。躲过了帝国的追击、和星晶兽的邂逅，加深了两人的羁绊并有所成长。但是，前往星之岛的路程才到一半。少年与少女，将和同伴一起往下一个旅程迈进。