《巴比伦》讲述改编自野崎窗著作的同名轻小说，「这一启示，安静地悄悄来访」东京地检特搜部检察官正崎善，在追查制药公司的非法事件时，发现了一封奇怪的文书。残留在那上面的是混杂着毛发和皮肤的异样血迹，以及覆盖了纸张整整一面的拉丁字母『F』的文字。正崎造访了在搜查线上浮出水面的参考人，但难以置信的场景却在那里延展开来。与此同时，东京都西部即将诞生被称作『新域』的新生独立自治体。在正崎追寻事件之谜的过程中，逐渐发现了巨大的阴谋？