《万界仙踪》讲述大周初年，本为商朝护国神宗的天元神宗被其他五大神宗围剿，天元神宗的宗主帝绝羽化登仙，叶星云临危受命，接掌天元神宗。叶星云本是大商国仅存的皇子，为报宗族被灭之仇，叶星云踏上了复国之路。封神之战刚刚结束，曾经的仙神们消失无踪，莽荒丛林之中各种妖兽山精出没，寇匪成群，而各个城市之中，也是世家林立。叶星云第一个目标，是潜入青羽世家，以狸猫换太子的手法，将自己化身为青羽世家的一个人，这个人恰好是齐王流落在外的儿子。叶星云，被齐王当成自己失踪的儿子，迎进了齐王府里。作为齐王回归的儿子，同时又身为天元神宗的宗主，叶星云很快地变成了一个权倾朝野的人，而此时此刻，皇子们争夺帝位的序幕刚刚开启，叶星云该何去何从？