《高校舰队剧场版》讲述制作决定。生于大海，守护大海，去往大海 那就是蓝色人鱼！ 距今约100年前，由于板块运动，日本的大部分国土被水淹没而消失。 为了保全国土而接连建成的水上都市不知何时成为了海上都市，随着连结它们的航路增大，需要更多的人员来保护海洋安全。 由此，工作的女性进出海上、守护海洋安全的职业蓝色人鱼成为了女学生们憧憬的存在。 在这样的时代，幼时好友的岬明乃和知名萌香，和拥有成为蓝色人鱼这一目标的伙伴们一起，进入了横须贺的海洋高中学习。