《深夜的超自然公务员》讲述改编自たもつ叶子著同名漫画，任职于新宿区政府的宫古心，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的夜间地区交流科工作。工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。