《魔法少女特殊战明日香》讲述传说。神话。魔法。 随著科学的发展逐渐被人们遗忘，然後，在另一个世界里，终於再次和人们邂逅。但是，那再会并非是幸福的。受到来自地冥界怪物们侵袭的现在，人类拥有的多数武器皆已无效，命运如同风中残烛。此时，同样受到地冥界侵袭所苦的精灵环境条约机构对人类伸出了援手，人类得到了一丝起死回生的希望。那就是魔法少女。有著强大力量的少女们，即使身心皆已满目疮痍，仍然引导著人类获得胜利，最终结束了大战。即便如此，这不过只是为新的战斗揭开了序幕。国际犯罪，无差别恐攻，内战，纷争。魔法少女的战斗不会止息