《某科学的超电磁炮第三季》讲述被称作学园都市的东京西部的巨大都市中，进行着超能力的开发。在此接受特殊课程而或的能力的学生被分为无能力（Level 0）到超能力（Level 5）等六个阶段，位于顶点的就是七名的超能力（Level 5）。其中御坂美琴是能够自由操纵电力的电击使中最上位的能力者，拥有超电磁炮异名的她是在常盘台中学就读的14岁女子中学生。作为后辈，同时是风纪委员的白井黑子，景仰大小姐的初春饰利，和她那喜欢都市传说的朋友佐天泪子。这样的同伴们一起过着和平但又有点奇妙的日常生活，但突然之间学园都市的黑暗逼近了...