《Star☆ Twinkle 光之美少女》讲述在距离地球非常遥远的星空界中心，存在着圣域星之神殿以及十二星座的星之公主们，她们的力量维持着宇宙间的平衡。然而某天，星之公主们遭到不明人士袭击，变成了12支公主星光彩色笔散落在宇宙中。再这样下去，星球将会毁灭，连地球和宇宙都会被黑暗所吞噬！众星的光辉消失之时，与闪耀之书一同诞生的传说中的战士光之美少女，将会夺回星辰的光芒。来自星空界沙曼星的外星人少女拉拉和在星之神殿侍奉星之公主的宇宙妖精普伦斯依循着宇宙间流传的这条古老传说，带着星之公主们最后诞生下来的希望芙娃一起离开故乡*，踏上了寻找传说中的战士光之美少女的旅途。在地球日本观星町，主人公星奈光，是个喜欢宇宙和星座的中学二年级生，一天，在观察星空并记录星座的星奈光被从突然出现的虫洞中跳出的不明生物芙娃撞上。紧接着第二天，从天而降的火箭也带来了外星人少女拉拉与宇宙妖精普伦斯。真正的外星人竟然出现在自己的眼前了！故事由此展开...