《BAKUMATSU第二季》讲述有一天，黑色的船从天而降。One day, a black ship fell from the sky围绕穿越时空的力量传说中的神秘宝藏时辰仪，在京都展开的苏沙诺乌事变以面具将军无限斋吉田松阴的死而告终。我们还有件事要做。在家乡秋，结束了老师松阴墓域的高杉晋作和他的搭档桂小五郎，再次回到了京城。守护着老师教导而跑在一旁的高杉，有着比往常更加遥远眼睛的桂。这时，天空和炮声同时破裂，应该从时空裂缝中破坏的辰仪出现了。在产生意志的时候，辰仪开始进行无法控制的暴走!!在之前的战中失去副长土方岁三的新撰组成为了阻挡住缘分的好敌手!!局长近藤勇所说的，是新的无限斋的存在。是要归还，还是要改变。高杉我一定要恢复到正常的时间。桂:我有件事一直没对你说。被重新开始不起作用的命运(安重英雄危机)的捉弄，志士们的新故事开始启动了!!