《我们无法一起学习第二季》讲述改编自筒井大志连载于《周刊少年JUMP》上的同名漫画。刻苦学习的高中3年生唯我成幸，为了获得免除大学学费的特别VIP推荐资格，而要去担任为备考而苦战的同级生们的教育指导员。教导的对象是文学之森的睡美人古桥文乃和机关精巧的拇指姑娘绪方理珠这两位学园顶尖的天才美少女！原本以为她们的学习能力完美无缺，没想到对于不擅长的学科却完全无能！？成幸一边被充满个性的学不来女孩们玩弄于股掌之间，一边为了让她们努力通过大学考试！无论学习还是恋爱都学不来的天才们的恋爱喜剧，就此开幕！！