《文豪与炼金术师 ～审判的齿轮～》讲述改编自同名手机游戏《文豪与炼金术师》，在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。这是由书中带着负面情绪诞生的侵蚀者所导致的灾难。被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。于是，有特殊能力的炼金术师作为特务司书被派遣至图书馆，为了对抗破坏书中世界的侵蚀者、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。