《某科学的超电磁炮》讲述御坂美琴为学妹白井黒子学校内的风纪委员会工作时遇到的种种麻烦。当然，本篇的主人公上条当麻仍会登场，不过其一改爱说教的习惯，是一个看着不至于在本篇中那样令人心烦的角色。 此外，通过《魔法禁书目录》最终回的流行服饰ED得知，本作中白井黒子对姐姐的爱也有所描述，以及在动画《魔术的禁 书目录》的开场中能够看到身影的初春饰利，也将作为主要角色之一在本作中有活跃表现。 《科学超电磁炮》完全是原创的故事，故事的焦点，主要集中在正传的那些配角身上，从另外一个侧面，展示着学园都市的一切。