《FLCL特别的她第二季》讲述一个虚构的城市里面，市民过着平凡的生活，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。 小学6年级学生直太，与高中女生真见美，直太那个留学的哥哥的女友，一起在河边打发时间。本该是继续平凡的日子，随着传说中的蜜蜂女睛子驾驶的电车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角！而睛子居然成为直太家的佣人进入了直太家。睛子的秘密与她口中常念起的FLCL的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。FLCL特别的她第二季动画全集将由美国电视动画栏目Toonami将与Production I.G合作制作动画《FLCL》第二季和第三季！每季六话，预计2017年下半和2018年上半播出！监制：鹤卷和哉，监督：本广克行，角色原案：贞本义 行，编剧：岩井秀人，FLCL(特别的她)是EVA副监督鹤卷和哉的首部监督作品。