《青之驱魔师第二季》讲述人类居住的物质界和恶魔居住的虚无界本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的驱魔师存在。魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构驱魔补习班学习。在地之王袭击的时候，奥村燐魔神私生子的身份败露。因为畏惧魔神的蓝炎，同伴们与奥村燐之间的距离 就在此时，被封印于学园最深部的不净王的左眼遭到不明人员的窃取，奥村燐等人也随之卷入无法预料的事态...