《穿越时空的少女》讲述本片是日本科幻小说大师筒井康隆出版于1965年的名作，曾经被多次改编成电视剧和电影。而这次是该作品的首部动画版。　　故事讲述名叫绀野真琴的17岁普通高中生，在一次车祸后，获得了穿越时空的能力。经过多次练习真琴掌握了穿越时空的方法，经常用这个方法来解决生活中的麻烦事。　　真琴和同班 的两个男生间宫千昭以及津田功介非常要好，三人一直是好朋友。而千昭突然向真琴表白爱意，令她十分困扰。真琴用穿越时空回到过去的方法抹消了这次告白，她希望能一直和他们保持好朋友的关系。不料，同学友梨向千昭告白，而暗恋功介的果步又找真琴来商量。为了帮助朋友真琴不断用穿越时空的能力，但事情反而越来越乱