《来自深渊》讲述改编自つくしあきひと原作漫画，讲述在这个所有角落都被探索殆尽的世界上，还有一个唯一不为人所知的秘境巨大洞穴「阿比斯」（深渊）。在这个不知延续至何方的深大洞穴内，栖息着各种奇妙的生物，沉睡者当今人类所无法制作的贵重「遗物」。阿比斯不可思议的姿态使得人们趋之若鹜，冒险随之展开。屡次挑战阿比斯的冒险家则被人们称为「探窟家」。在深渊入口上建起来的小镇「奥斯」居住的孤儿梨子（リコ），梦想着有朝一日成为母亲一样伟大的探窟家，解开阿比斯之谜。某天，梨子在探窟时，捡到了一个少年形态的机器人？幻想与机械混杂的大冒险开始了！