《见习神明 秘密的心灵第二季》讲述小学五年级的四叶心，是个有些笨拙但很善良的女孩子。所有的物品里都有灵魂她遵守着奶奶的这番教诲，对物品非常爱惜。某天，心非常珍爱的彩色铅笔中诞生了物品的神明COCOTAMA！它的名字是RAKITAMA。COCOTAMA有着决不能被人发现的规矩，但RAKITAMA刚一出生就被心看到了！以被发现为契机，两人结下了秘密的契约。