《BEM》讲述港湾都市里布拉市。作为政治经济文化中心将城市中的富集结起来的上城，以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的外围，分隔这两个区域的巨大运河以及一座桥。由这些所构成，正可谓是将人类的差别意识表面化的城市。从上城前往外围赴任的年轻女刑警索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人？这三个妖怪人，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的恶而成为人类的贝姆；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的贝拉；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的贝罗。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳。有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的看不见的议会、企图掌控贝姆等三人的她，究竟有何目的？