《魔卡少女樱》讲述木之本樱（小樱）本来是一个平凡的小学四年级学生，因机缘巧合之下打开了一本放满卡片的神秘书籍。突然一阵怪风将所有的卡片都吹走了，这时这本书的守护神，封印之兽小可出现了。原来这些被称为库洛牌的卡片代表着自然界和生活中的不同力量，如果失去控制，就会给世界带来各种各样的灾难。小樱接受了守护神小可的委托，带着守护神给予的魔法棒，肩负着寻回所有库洛牌的重要使命，经过一番努力，最终寻回所有的库洛牌，并在小可、王小明和艾里欧等人的帮助下成为库洛牌的真正主人，使库洛牌变成了小樱牌。从此，世界回复安宁。