《Clannad 第二季》讲述在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为古河渚的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半AFTER STORY为主角和古河渚共同生活的日子，其中还穿插了理论中的世界被封闭的次元以及超弦理论，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。