《妄想学生会第二季》讲述创校已有 50 年的女子高校私立樱才学园，因受到少子化的冲击，不得不改制为男女合校。但因为是第一年同时进行男女招生，男生人数还相当稀少，全校男女生的比率为女生 524 人:男生 28 人。故事的男主角津田隆利，作为改制后第一年入学的28名男性新生之一，因缘际会之下被拉入了学校的学生会。