《手里剑战队忍忍者》讲述战国时代── 以恐怖来统治天下 最凶最恶的武将牙鬼幻月。由伊贺崎家率领的一群忍者, 经过激烈的战斗，打倒了牙鬼幻月。 但牙鬼幻月却留下了不详的预言 444年后, 我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下!时光流逝── 末代忍者伊贺崎好天跟复活的妖怪牙鬼幻月决斗, 并成功将它封印。时光再次流逝 到了现代── 牙鬼幻月的封印被解除, 牙鬼幻月的怨念生出了一批妖怪，这些妖怪们组成牙鬼军团， 为了让牙鬼幻月完全复活，妖怪们到处搜集人们的恐惧心，开始向人们展开袭击!紧急时刻，出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔, 也就是末代忍者・伊贺崎好天的孙子们!当忍则忍，可不忍则不忍！ 三代同堂，用火热的忍者心（Nintality），以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪！为了继承祖父的末代忍者这个封号, 也为了阻止妖怪军团让牙鬼幻月复活， 现在他们不仅不忍，还要大肆反击!