《樱花庄的宠物女孩》讲述就读水明艺术大学附属高中的神田空太，一年级夏天时在宿舍养猫，而被校长叫去问话，并要他把猫赶走，不然就搬出宿舍。身为爱猫一族的空太，企图反抗权威，结果被撵出宿舍，流落到恶名昭彰的樱花庄。隔年春天，随着世界级天才画家椎名真白搬进了樱花庄，空太开始过著被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。