《我喜欢的是妹妹但不是妹妹》讲述改编自由惠比须清司创作的轻小说。以轻小说作家为目标的高中生永见祐，有个名叫凉花的妹妹。凉花是个才色兼备的优等生，但对哥哥的态度却严厉又冷漠。某天，长年在轻小说选拔第一轮就落选的祐，得知了冲击性的事实。凉花创作的兄妹亲亲热热恋爱喜剧在轻小说大赏中获奖了！而且，在完全不懂轻小说及萌系的凉花拜托下，祐竟然开始以代理作家永远野誓的身份活动！祐情非得已地轻小说出道，在被独具个性的业界关系者们玩弄于股掌间的同时，为了妹妹而以永远野誓的身份奋斗中。之后，曾经连一点喜爱哥哥的影子都见不到的凉花却！？