《命运石之门》讲述涉谷崩坏之后的一年，秋叶原RADIO会馆的大厦楼顶上坠落了人工卫星的新闻闹得沸沸扬扬。 以秋叶原为据点的三人发明小组未来发明研究所队长，改不了中二病的大学生冈部伦太郎和他的伙伴们终日重复着古怪发明的开发。2010年7月28日，冈部为了取得学分和同级的好友桥田至一同去了讲义会场，在那里，他们遇见了年仅18岁就成功在美国科学杂志刊登论文的天才少女牧濑红莉栖。然而古怪的是，冈部在几个小时前刚刚目睹了在RADIO会馆8楼晕倒在血泊中的牧濑。更让人费解的是，这一切在一周前发送给桥田的手机短信中都记载的清清楚楚。 最后冈部查明，原来他们发明的其中一件手机装置中偶然具有了向过去发送短信的功能，也就是具备了时光机类似的机能。而这个时候的冈部连想都没想过这一个偶然的发明将会成为左右世界未来的钥匙，世纪大发明诞生了