《未来都市NO.6》讲述《No.6》，或称《未来都市No.6》，故事舞台是一个于2013年的未来都市NO.6。这是一个没有犯罪，没有灾害，也没有疾病的未来都市。在这个都市里，只要你是优异或属于精英的人，你便可以享受最高的权利及拥有最佳的教育环境和生活。而男主角紫宛则是在2岁的时候便给人升格为精英了。但就在他12岁生日的晚上 ，在那个下著狂风大雨的晚上，却遇上了一个完全不属于他世界的人老鼠。老鼠身受枪伤，从外面闯进了他的房间，但紫宛不但没有害怕，反而给老鼠的某些特质吸引著了，所以紫宛向他伸出了援手。可是，第二天当发现老鼠消失之后，紫宛也随即因窝藏逃犯而被剥夺一切权利，被贬为最低下的市民。虽然如此他却还期待著跟老鼠的重逢。然而，当他们再度重逢，紫宛正在生死之间徘徊著...