《棒球大联盟第一季》讲述主角本田吾郎自幼丧母，父亲本田茂治是职业棒球选手，吾郎从小就热爱棒球与父亲，由于年纪小的孩子都不打棒球吾郎好不容易才找到一个爱打棒球的小伙伴佐藤寿也。 本田茂治年已三十却因腰伤退居二军，伤好后打入一军却又手肘受伤不能投球，后改为击球手东山再起，不料刚刚事业有所起步却在比赛中被美国 大联盟明星球员乔吉普森（原译:约翰吉布森）的触身球击中头部而脑血肿而过世。其后吾郎的幼稚园老师星野桃子（茂治的女友）收养了吾郎，吾郎不得不与小伙伴寿也告别，寿也鼓励吾郎一定要坚持打棒球。 吾郎九岁时终于加入了三船海豚队少棒，和小伙伴小森、清水薰、泽村等人经过刻苦努力，在四年级时终于打败了全国第一的横滨少棒队获得了全县少棒第四名的成绩。后来，茂野英毅与星野桃子老师结婚，一起守护好友本田的遗孤吾郎，吾郎也改姓为茂野吾郎，与养父养母到横滨居住，因自父亲死后吾郎最不愿说再见二字，因此吾郎未向朋友们告别悄悄离去，不过吾郎对教练说总有一天会回到三船与朋友们再一起打棒球的