《机巧少女不会受伤》讲述围绕人偶师赤羽雷真和他的少女型人偶搭档夜夜，以及参加决出最强人偶师「魔王」的名为「夜会」比赛的各种参赛选手之间的学院战斗。关于机巧魔法即是指内置魔法回路的人偶和人偶师使用的魔法。而「夜会」比赛正是作为这方面的最高学府英国瓦尔普吉斯之夜皇家机巧学院举办的大会。从日本来的留学生雷真和他的少女型人偶搭档夜夜决定从参赛候选人那里用武力夺取夜会的参加资格。他的目标就是下任魔王的热门候补，拥有「暴龙」名号的美少女夏儿！但是正在雷真向她挑战的时候，意想不到的事情发生了