《文豪野犬第三季》讲述白虎与黑兽中岛敦与芥川龙之介并肩作战，在与弗朗西斯F的决战中得胜，与自大国袭来的组合（Guild）之间的巨大异能战争宣告结束。武装侦探社与港口黑手党在此战中缔结的休战协定仍在继续，而从他们引发的毁灭危机中幸存下来的横滨，今天也在路边上演名为日常的物语。但海外犯罪组织流入的传言，以及组合（Guild）残党的影子仍在此地若隐若现。另一方面，太宰治对于魔人觉醒、新的灾厄开始感到担忧。在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团死屋之鼠的头目，费奥多尔D。其令人恐惧的谋略，终于露出獠牙！